במאה ה־2 לספירה ישבה בבית שערים הסנהדרין, ובראשה רבי יהודה הנשיא, שערך את המשנה. לפי המסורת הוא נקבר כאן, ואחריו ביקשו יהודים רבים — גם מחוץ לארץ — להיקבר לידו. כך נחצבו במדרונות מערות קבורה גדולות, עם חזיתות של קשתות, ובתוכן מאות ארונות אבן (סרקופגים).
על הקירות ועל הארונות יש כתובות בעברית, בארמית וביוונית, וגם עיטורים — מנורות, אריות, ספינות ואפילו דמויות מהמיתולוגיה היוונית. הם מראים איך חיו היהודים באותה תקופה, בין המסורת שלהם לבין התרבות היוונית־רומית שסביבם. את המערות חשף בשנות ה־30 של המאה ה־20 אלכסנדר זייד, שומר של קרן קיימת לישראל, שעל שמו יש פסל רכוב על סוס בשמורה.