המלך הורדוס בנה על ההר ארמונות מפוארים, כולל ארמון שנבנה במדרגות על הצד הצפוני של הצוק, מחסני מזון ובורות מים ענקיים שנמלאו בשיטפונות החורף. בסוף המרד הגדול ברומאים התבצרו במצדה מורדים יהודים. הצבא הרומי הקיף את ההר בחומה ובמחנות, ובנה סוללה ענקית במערב כדי להעלות אליה מכונות מצור. לפי יוסף בן מתתיהו, ב־73 או 74 לספירה, כשהרומאים עמדו לפרוץ, בחרו רוב המורדים למות ולא ליפול בשבי.
המחנות, החומה והסוללה הרומית נשמרו היטב בזכות המדבר היבש, והם מהשלמים ביותר שנשארו בעולם — אחת הסיבות להכרה של אונסק״ו. עולים למצדה בשביל הנחש או ברכבל. בקיץ השביל נסגר בשעות החמות, ולכן עולים עם שחר, עם כובע והרבה מים.

