הקירטון הוא סלע לבן ורך שקל לחצוב בכלים פשוטים, אבל מתחת לשכבה הקשה שעל פני השטח (״נארי״) הוא חזק מספיק כדי לא לקרוס. התושבים של מרשה, ואחר כך של בית גוברין, ניצלו זאת: מתחת לכל בית חצבו מערות לשימושים שונים — בתי בד להפקת שמן זית, שובכים לגידול יונים עם אלפי גומחות, בורות מים, מחסנים, ומערות קבורה מעוטרות בציורים.
המפורסמות הן מערות הפעמון — חללים ענקיים בצורת פעמון, שנחצבו כנראה בתקופה מאוחרת יותר כדי להוציא גיר לבנייה. בהן גובה התקרה מגיע לעשרות מטרים, והאקוסטיקה מיוחדת, ולפעמים מתקיימים בהן מופעים. בשמורה יש גם אמפיתיאטרון רומי. חלק מהמערות עמוקות, ולכן הולכים רק בשבילים המסומנים.