קרובי הבר של העגבנייה גדלים באזור פרו ואקוודור, ולפי ההערכות היא בויתה במרכז אמריקה ובמקסיקו. הספרדים הביאו אותה לאירופה במאה ה־16. באיטליה קראו לה ״פומודורו״ — תפוח זהב — ובמשך זמן רב רבים באירופה חששו לאכול אותה, כי היא דומה לצמחים רעילים מאותה משפחה.
למזרח התיכון הגיעה העגבנייה בתקופה העות׳מאנית, ובמאה ה־19 כבר הייתה נפוצה. בערבית קוראים לה ״בנדורה״. השם העברי ״עגבנייה״ הוצע בסוף המאה ה־19, בהשראת השם האירופי ״תפוח אהבה״.
בישראל מגדלים עגבניות כל השנה, בשדות ובחממות, ודבורי בומבוס מאביקות את הפרחים. חוקרים ישראלים פיתחו זנים של עגבניות שרי שנשמרות זמן רב. את העלים והגבעולים של העגבנייה לא אוכלים.