הופר הצטרפה לצי במלחמת העולם השנייה ועבדה על אחד המחשבים הראשונים בארה״ב. היא האמינה שמחשבים צריכים להבין הוראות במילים, כמו באנגלית, ולא רק במספרים. בתחילת שנות ה־50 פיתחה תוכנה שמתרגמת הוראות לשפת המכונה — מהדר — ובהמשך השתתפה בפיתוח שפת התכנות קובול, ששימשה עשרות שנים בבנקים ובמשרדים.
הסיפור המפורסם: ב־1947 מצא הצוות שבו עבדה עש אמיתי שנתקע במחשב, והדביק אותו ביומן עם הכיתוב ״מקרה ראשון של באג שנמצא״. המילה ״באג״ לתקלה הייתה בשימוש עוד קודם, אבל הסיפור עזר להפוך אותה למפורסמת. הופר שירתה בצי עד גיל 79, והגיעה לדרגת אדמירל.

