במפעל מחממים את החלב, לפעמים מוסיפים אבקת חלב כדי שהיוגורט יהיה סמיך, ומפסטרים. אחר כך מקררים לחום נעים, בסביבות 40 מעלות, ומוסיפים תרבית — חיידקים מועילים מסוגים מסוימים.
בכמה השעות הבאות החיידקים מתרבים ואוכלים את סוכר החלב. החומצה שהם מייצרים משנה את חלבוני החלב, והם מתחברים לרשת רכה — לכן החלב מסמיך. כשהיוגורט מגיע לחמיצות הרצויה, מקררים אותו כדי לעצור את התהליך.
ביוגורט ״במיכל״ החלב תוסס בתוך הגביע עצמו; ביוגורט ״מעורבב״ הוא תוסס במיכל גדול, מערבבים ומוסיפים פירות, ואז ממלאים. לבן ואשל, שמוכרים בישראל, מוכנים בדרך דומה עם חיידקים קצת שונים.