הפטרנודון חי מעל ים רדוד שכיסה אז את מרכז צפון אמריקה. רוב המאובנים שלו נמצאו בקנזס, באזור שהיה אז קרקעית ים. מוטת הכנפיים של הגדולים מוערכת בכ־6 עד 7 מטרים, אבל הגוף עצמו היה קל — העצמות היו חלולות ודקות מאוד.
הוא אכל כנראה דגים, שאותם תפס כשדאה מעל המים, כמו שחפים ושקנאים היום. הציצה הייתה שונה בין פרטים — אצל חלקם ארוכה וגדולה, ואצל אחרים קטנה — וחוקרים חושבים שזה ההבדל בין זכרים לנקבות.
הפטרנודון הוא אחד הפטרוזאורים הראשונים שהתגלו בצפון אמריקה, כבר בשנות השבעים של המאה ה־19. נמצאו ממנו מאות פרטים, ולכן הוא אחד הפטרוזאורים המוכרים ביותר — ואחד הנפוצים בצעצועים ובסרטים.

