לפי אחת הגרסאות, מדוזה הייתה פעם צעירה יפה, ואתנה הפכה אותה למפלצת כעונש — גרסה שגורמת לרבים לחשוב עליה גם כקורבן. הגיבור פרסאוס נשלח להביא את ראשה. הוא קיבל סנדלים מכונפים, כובע שהופך לבלתי נראה ומגן מבריק, והביט במדוזה רק דרך ההשתקפות במגן, כך שלא הפך לאבן.
לפי המיתוס, מדמה של מדוזה נולד פגסוס, הסוס המכונף. פרסאוס השתמש בראש כדי להציל את הנסיכה אנדרומדה ולהביס את אויביו, ואחר כך נתן אותו לאתנה, שקבעה אותו על המגן שלה. פני גורגונה הופיעו על מגנים ועל קירות ביוון, כדי ״להפחיד״ סכנות.

