השעון הביולוגי נמצא במוח, והוא מקבל מידע מהעיניים על האור שבחוץ. כשמחשיך, הגוף מפריש הורמון שנקרא מלטונין, שגורם לנו להרגיש מנומנמים. בבוקר, כשמגיע אור, ההפרשה שלו יורדת ואנחנו מתעוררים. השעון משפיע גם על חום הגוף, על התיאבון ועל הריכוז במהלך היום.
אור חזק בערב — במיוחד ממסכים של טלפון, טאבלט ומחשב — עלול ״לבלבל״ את השעון ולגרום לו לחשוב שעדיין יום, ולכן קשה יותר להירדם. שעות שינה וקימה קבועות, גם בסופי שבוע, עוזרות לשעון לעבוד בצורה מסודרת.
כשטסים רחוק, למשל לאמריקה, השעון הביולוגי עדיין מכוון לשעה של הבית, ואנחנו מרגישים עייפים באמצע היום ולא מצליחים לישון בלילה. לזה קוראים ״יעפת״. לוקח כמה ימים עד שהשעון מתכוונן מחדש. גם לבעלי חיים ולצמחים יש שעון ביולוגי — יש פרחים שנפתחים ונסגרים בשעות קבועות.