במשך מיליוני שנים שוקעים בקרקעית ים חם ורדוד שלדים של יצורים זעירים, קונכיות, אלמוגים וגרגרי סידן. השכבות נערמות, נדחסות ומתקשות, והופכות לאבן גיר. לכן מוצאים בגיר לעיתים קרובות מאובנים של צדפות, חלזונות ואלמוגים. גיר מגיב עם חומצה: טיפת חומץ עליו מעלה בועות של פחמן דו־חמצני.
רוב ההרים בישראל — הרי יהודה, השומרון, הכרמל והגליל — בנויים מגיר, מדולומיט ומקירטון שנוצרו כשהאזור היה מכוסה בים. מי גשם ממיסים את הגיר לאט, ויוצרים בו מערות, נטיפים ובולענים. מגיר מייצרים סיד ומלט.