אחרי שמסיימים לקרוא בספר התורה, אדם אחד עולה ומברך, ואז קורא את ההפטרה. ההפטרה לקוחה מאחד מספרי הנביאים, כמו ישעיהו, ירמיהו, שמואל או מלכים. לפעמים מוצאים קשר ברור לפרשה: למשל, כשהפרשה מספרת על דמות מסוימת, ההפטרה מספרת סיפור דומה מימי הנביאים.
יש הפטרות שנבחרו לפי לוח השנה. אחרי תשעה באב קוראים שבע הפטרות של נחמה מספר ישעיהו, והראשונה בהן פותחת במילים ״נחמו נחמו עמי״ — ולכן השבת הזו נקראת ״שבת נחמו״. גם ביום הכיפורים קוראים הפטרה מישעיהו, על המשמעות האמיתית של הצום.
נערים רבים קוראים את ההפטרה בחגיגת בר המצווה שלהם, בנגינה מיוחדת. טעות נפוצה היא לחשוב שההפטרה לקוחה מהתורה — היא לקוחה מהנביאים, ולכן היא נקראת אחרי קריאת התורה ולא במקומה.