ג׳נר שמע שחולבות פרות שנדבקו ב״אבעבועות הפרות״, מחלה קלה, לא חולות באבעבועות השחורות הקטלניות. ב־1796 הוא העביר חומר מפצע של אבעבועות פרות לילד בשם ג׳יימס פיפס, ואחר כך הראה שהילד מוגן. ניסוי כזה בילד לא היה מאושר היום, אבל הוא שינה את הרפואה.
ג׳נר לא היה הראשון שהבין שאפשר להגן מפני המחלה — בסין, בהודו ובטורקיה השתמשו בשיטה מסוכנת יותר — אבל השיטה שלו בטוחה יותר, והוא פרסם אותה ושכנע את העולם. בזכות חיסונים שהתפתחו ממנה, ארגון הבריאות העולמי הכריז ב־1980 שהאבעבועות השחורות נעלמו מהעולם.