אגם נוצר כשמים מתמלאים בשקע באדמה. השקע יכול להיווצר מתנועת לוחות בקרום כדור הארץ, מקרחונים שחפרו בעבר, מלוע של הר געש כבוי, או מסכר שבני אדם בנו על נהר. המים מגיעים לאגם מנהרות, ממעיינות ומגשם. כשיש לאגם גם מוצא — נהר שיוצא ממנו — המים בו מתחלפים ונשארים מתוקים. כשאין מוצא, המים רק מתאדים, והמלח מצטבר.
הכנרת היא האגם המתוק הגדול בישראל. היא נמצאת בבקע של השבר הסורי־אפריקאי, ופני המים שלה כ־200 מטרים מתחת לפני הים. היא נחשבת לאגם המים המתוקים הנמוך בעולם. הירדן זורם אליה מצפון ויוצא ממנה בדרום, ולכן מימיה מתוקים. במשך שנים רבות היא הייתה מאגר מי השתייה החשוב של ישראל, ומפלס המים שלה עולה בחורף ויורד בקיץ.
טעות נפוצה היא לחשוב שכל גוף מים שנקרא ״ים״ הוא באמת ים. ים המלח והכנרת (שנקראת גם ״ים כנרת״) הם בעצם אגמים, כי הם סגורים ביבשה מכל הצדדים. ועוד: גודל לא קובע אם זה ים או אגם — יש אגמים ענקיים, כמו אגם ויקטוריה באפריקה.