המלח הצטבר לפני מיליוני שנים, כשמים מלוחים מילאו את הבקע והתאדו, והשאירו שכבות עבות של מלח. בגלל הלחץ של השכבות שמעליו, המלח, שהוא קל וגמיש יחסית, ״נדחק״ כלפי מעלה, ובנה את ההר — והוא ממשיך לעלות לאט גם היום. ולמרות שהוא מתנשא מעל ים המלח, פסגתו עדיין נמצאת מתחת לגובה פני הים.
הגשם הנדיר ממיס את המלח ויוצר בהר מערות, בולענים ופירים. אחת מהן, מערת מלחם, נמדדה ב־2019 באורך של יותר מ־10 קילומטרים — מערת המלח הארוכה הידועה בעולם. בהר יש גם עמוד מלח שנקרא ״אשת לוט״, על שם הסיפור בספר בראשית. לא נכנסים למערות המלח בלי מדריך: יש בהן פירים עמוקים, והן מסוכנות בזמן שיטפונות. בקיץ החום שם קיצוני.

