בספר בראשית, פרעה חלם על שבע פרות שמנות ושבע פרות רזות, ויוסף פתר את חלומו ונעשה משנה למלך. בספר שמות קם ״מלך חדש על מצרים״, ששעבד את בני ישראל וגזר להשליך את התינוקות הזכרים ליאור. בת פרעה מצאה את משה בתיבה וגידלה אותו בארמון.
כשמשה ואהרן ביקשו לשחרר את העם, פרעה סירב שוב ושוב, גם אחרי המכות. התורה מתארת את ליבו כ״כבד״ — עקשן. רק אחרי מכת בכורות שחרר את העם, ואחר כך רדף אחריהם עם צבאו עד ים סוף. התורה לא מזכירה בשמם הפרטי את הפרעונים של יוסף ושל משה, ולכן חוקרים חלוקים בשאלה מי הם היו.
בספרים מאוחרים יותר בתנ״ך מופיעים פרעונים עם שם, כמו פרעה נכה בספר מלכים. המילה ״פרעה״ באה ככל הנראה מהמצרית העתיקה, שבה פירושה ״הבית הגדול״ — כלומר הארמון, ובהמשך המלך עצמו.