במערכת אקולוגית הכול קשור. הצמחים מייצרים מזון מאור השמש, בעלי חיים אוכלים אותם וזה את זה, ומפרקים כמו פטריות וחיידקים מפרקים שאריות ומחזירים חומרים לאדמה — ואז הצמחים משתמשים בהם שוב. גם הגורמים הדוממים חשובים: כמות הגשם, סוג האדמה והטמפרטורה קובעים אילו יצורים יכולים לחיות שם.
מערכת אקולוגית יכולה להיות גדולה, כמו יער או ים, או קטנה, כמו שלולית חורף או אפילו גזע עץ שנפל. בישראל יש מערכות אקולוגיות שונות מאוד: שונית האלמוגים באילת, החורש הים־תיכוני בכרמל, המדבר בנגב והחולות לאורך החוף.
כשמשנים חלק אחד במערכת, זה משפיע על חלקים אחרים. אם טורף נעלם, אוכלי הצמחים עלולים להתרבות ולאכול יותר מדי צמחים. טעות נפוצה היא לחשוב שמערכת אקולוגית כוללת רק בעלי חיים — היא כוללת גם צמחים, יצורים זעירים וגם את המים, האדמה והאוויר.