בתחילת המרד הגדול מונה יוסף למפקד בגליל. אחרי שהרומאים כבשו את העיר שבה התבצר, הוא נכנע להם. הוא קשר קשרים עם המצביא אספסיאנוס ובנו טיטוס, ליווה את הצבא הרומי עד ירושלים, ואחר כך חי ברומא. שם כתב ביוונית את ״מלחמת היהודים״ ואת ״קדמוניות היהודים״, ונודע בעולם בשם יוספוס פלביוס.
הרבה ממה שאנחנו יודעים על המרד הגדול, על חורבן ירושלים ועל מצדה מגיע ממנו. בלעדיו היינו יודעים הרבה פחות. אבל היסטוריונים קוראים את דבריו בזהירות: הוא כתב בחסות הרומאים והיו לו סיבות אישיות להציג את עצמו ואת האירועים בדרך מסוימת. על מצדה, למשל, הוא כתב בלי שהיה שם בעצמו.
לכן משווים את דבריו לממצאים ארכאולוגיים — כמו הבית השרוף בירושלים או הסוללה הרומית במצדה — ובודקים מה מתאים ומה לא. רבים ראו בו בוגד, ואחרים רואים בו היסטוריון שהציל את זיכרון התקופה. טעות נפוצה היא לבלבל בינו לבין מתתיהו, אבי החשמונאים — אלה שני אנשים שחיו בהפרש של יותר ממאתיים שנה.