מצדה היא הר שטוח שמכל צדדיו מצוקים תלולים, ולכן קשה מאוד לטפס אליו. הורדוס בנה בו חומה, מחסנים ענקיים, בורות מים חצובים בסלע וארמונות — ובהם הארמון הצפוני, שנבנה על שלוש מדרגות סלע מעל התהום. בתחילת המרד הגדול השתלטו על המבצר מורדים, ובו חיו כמה מאות אנשים, נשים וילדים בהנהגת אלעזר בן יאיר.
כמה שנים אחרי החורבן הקיף צבא רומי את ההר בחומה ובמחנות, שרידיהם נראים עד היום, ובנה סוללה ענקית בצד המערבי. לפי יוסף בן מתתיהו, כשהיה ברור שהרומאים יפרצו, שכנע אלעזר בן יאיר את המגינים לבחור במוות על פני שבי ועבדות. יוסף לא היה שם בעצמו, ולכן היסטוריונים מתווכחים על פרטים — אבל הממצאים מאשרים את עיקר התמונה של מצור ונפילה.
בשנות ה־60 של המאה ה־20 חפר במקום הארכאולוג יגאל ידין, עם מתנדבים רבים, ונמצאו ארמונות, בית כנסת, מקוואות, קטעי מגילות ושברי חרס עם שמות. מצדה הוכרזה כאתר מורשת עולמית. טעות נפוצה היא לחשוב שיש תשובה אחת לשאלה מה משמעות הסיפור: יש הרואים בו גבורה, ויש הרואים בו משהו מורכב יותר.