אם הכנסת קובעת את הכללים, הממשלה היא שמפעילה אותם בפועל. הממשלה מורכבת מראש הממשלה ומהשרים, ורוב השרים עומדים בראש משרד ממשלתי: משרד החינוך אחראי על בתי הספר, משרד הבריאות על מערכת הבריאות, משרד התחבורה על הכבישים והתחבורה הציבורית. במשרדים עובדים אלפי עובדי מדינה שמבצעים את העבודה.
הממשלה מכינה את הצעת התקציב, מחליטה איך לבצע את החוקים, מנהלת את הקשרים עם מדינות אחרות ואחראית לביטחון. בישראל הממשלה צריכה את אמון הכנסת כדי לכהן, ולכן היא קשורה מאוד לרשות המחוקקת. היא גם כפופה לחוק ולביקורת של בתי המשפט.
טעות נפוצה היא לחשוב שראש הממשלה מחליט הכול לבד. ראש הממשלה מוביל, אבל החלטות רבות מתקבלות בהצבעה של השרים, והכנסת, מבקר המדינה ובתי המשפט מפקחים על הממשלה.