במכון הטיהור קודם מסננים חפצים גדולים, חול ושומן. אחר כך המים עוברים לבריכות גדולות שבהן חיידקים מועילים ״אוכלים״ את הלכלוך האורגני, כשמזרימים אליהם אוויר. בבריכות שיקוע הבוצה שוקעת, והמים הצלולים יותר ממשיכים.
לפי השימוש המתוכנן, ממשיכים לטהר: סינון, חיטוי, ולעיתים החדרה לשכבות חול שמנקות עוד. המים המטוהרים, הקולחים, מוזרמים בצנרת נפרדת — בדרך כלל סגולה — לחקלאים. הבוצה עוברת טיפול ויכולה לשמש לדשן או לאנרגיה.
ישראל ממחזרת את הרוב הגדול של מי הביוב שלה — לפי ההערכות יותר מ־80 אחוזים — והיא מהמובילות בעולם בתחום. זו אחת הסיבות שאפשר לגדל ירקות ופירות בארץ יבשה. מה שעוזר מהבית: לא לזרוק לאסלה מגבונים, שמן או תרופות.