החוק הראשון שאיפשר להגן על פרחי בר נחקק ב־1964, ביוזמת חבר הכנסת ס. יזהר. היום ההגנה נקבעת לפי חוק גנים לאומיים ושמורות טבע, ורשימת ערכי הטבע המוגנים מתפרסמת ברשומות. ברשימה שאושרה ב־2005 יש כ־250 מיני צמחים.
בין הצמחים המוגנים: כלנית מצויה, רקפת מצויה, נרקיס, צבעוני ההרים, שושן צחור, דם המכבים, סתוונית, תורמוס ההרים, כל מיני האירוסים, כל הסחלבים ועצי בר רבים. האכיפה בידי רשות הטבע והגנים, ומי שפוגע עלול לשלם קנס.
בשמורות טבע אסור לפגוע בשום צמח, גם אם אינו ברשימה. ומחוץ לשמורות — עדיף לא לקטוף פרחי בר בכלל, כי קשה לדעת בשטח מה מוגן, וכל פרח שנשאר מפיץ זרעים.