תיקיות בתוך תיקיות יוצרות מבנה שנקרא ״עץ תיקיות״: בבסיס יש הכונן, ממנו יוצאות תיקיות ראשיות כמו מסמכים, תמונות והורדות, ומכל אחת יוצאות תיקיות קטנות יותר. הדרך המלאה מהבסיס עד קובץ מסוים נקראת נתיב, ובמחשבים רבים כותבים אותו עם לוכסן בין שם לשם. השם ״תיקייה״ והסמל הצהוב באים מתיקיות הקרטון של המשרדים.
כלל טוב לסידור: מהכללי אל הפרטי, ולא עמוק מדי — שלוש או ארבע רמות בדרך כלל מספיקות. למשל: בית ספר ← כיתה ו׳ ← מדעים ← עבודה על הלב. כדאי גם לרוקן מדי פעם את תיקיית ההורדות, שמתמלאת מהר בקבצים ישנים, ולהעביר את מה שחשוב למקום הקבוע שלו.