לפי הסיפור, גלגמש היה מלך חזק וגאה. האלים יצרו לו יריב, אנכידו, אבל השניים נעשו חברים טובים ויצאו להרפתקאות. כשאנכידו נפטר, גלגמש פחד מהמוות ויצא לחפש חיי נצח. בדרך פגש את אוטנפישתים, ששרד מבול גדול בתיבה עם בעלי חיים — סיפור שדומה בכמה פרטים לסיפור נח בתורה, והחוקרים דנים בקשר ביניהם.
גלגמש לא מצא חיי נצח, וחזר לעירו אחרי שלמד להעריך את החיים. ייתכן שגלגמש היה מלך אמיתי שחי לפני כ־4,700 שנה, ומסביבו נוצרו אגדות. הגרסה המפורסמת נמצאה על לוחות בספריית אשורבניפל בנינווה, ובשנת 1872 החוקר ג׳ורג׳ סמית זיהה עליהם את סיפור המבול — וזו הייתה תגלית מרעישה.