האיים נוצרו מהרי געש שעלו מקרקעית הים, ובעלי החיים שהגיעו אליהם — בשחייה, בתעופה או על רפסודות של צמחים — התפתחו שם במשך זמן רב בבידוד. כך נוצרו צבי הענק, שעל שמם נקראו האיים (״גלפגו״ — צב בספרדית ישנה), איגואנות ימיות שצוללות לאכול אצות, קורמורנים שאיבדו את היכולת לעוף, ופינגווינים שחיים כמעט על קו המשווה.
ב־1835 ביקר באיים צ׳רלס דרווין. הוא שם לב שלבעלי חיים דומים יש הבדלים מאי לאי — למשל במקורים של הפרושים — והתצפיות האלה עזרו לו לפתח את תורת האבולוציה. האיים היו בין האתרים הראשונים שנכנסו לרשימת המורשת העולמית ב־1978. מבקרים בהם רק עם מדריך מורשה, שומרים מרחק מבעלי החיים ולא מביאים מזון או זרעים מבחוץ.